Syarikat penerbangan ini ditubuhkan pada 1 Januari 1995 dan mula beroperasi pada bulan Jun 1997 dengan penerbangan yang membawa jemaah haji ke Jeddah (Arab Saudi). Penerbangan itu pada asalnya dijadualkan untuk beroperasi dari Gaza, tetapi disebabkan larangan Israel. Oleh hal yang demikian, perkhidmatan syarikat penerbangan ini dikendalikan dari Port Said, di utara Mesir. Perkhidmatan berjadual bermula pada 23 Julai 1997 iaitu beroperasi dari Arish ke Jordan dan Arab Saudi. Palestin Airlines memindahkan pangkalannya ke Gaza berikutan pembukaan lapangan terbang pada November 1998 dan menambah beberapa laluan baru di rantau ini. Syarikat penerbangan ini dilarang terbang pada Oktober 2000 berikutan permulaan Al-Aqsa Intifada dan terpaksa berpindah ke Lapangan Terbang Antarabangsa El Arish pada Disember 2001 selepas kemusnahan landasan kapal terbang di pangkalan Lapangan Terbang Antarabangsa Yasser Arafat sebelum ini, di mana pengendalian perkhidmatan yang terhad. Ianya dimiliki penuh oleh Pihak Berkuasa Palestin; dan menggaji 398 pekerja (sehingga Mac 2007).[3]